En la Fase 2, se sumarán los tres equipos provenientes de la instancia previa junto a trece clasificados: Botafogo (Brasil), Sporting Cristal (Perú), Guaraní (Paraguay), Independiente Medellín (Colombia), Argentinos Juniors, Deportes Tolima (Colombia), Bahía (Brasil) y Huachipato (Chile), entre otros. Todos ellos estuvieron en el Bolillero 1 y se enfrentarán respectivamente con Liverpool (Uruguay), Carabobo (Venezuela), O’Higgins (Chile), un representante de Bolivia, un representante de Ecuador y los tres equipos que resulten ganadores en los cruces previos. Los 16 equipos se enfrentarán en partidos de ida y vuelta, distribuidos en ocho llaves definidas por sorteo, con la ubicación en los bolilleros determinada por el Ranking de Clubes CONMEBOL. La organización estableció que no podrían enfrentarse equipos de una misma asociación miembro en esta fase, salvo que uno provenga de la Fase 1 y su identidad sea desconocida al momento del sorteo.